La conservación de las momias encontradas en la Laguna de los Cóndores es sorprendente. ¿Como fue posible esta conservación considerando las fuertes lluvias y la humedad expuesta? Las momias se encontraban protegidas mediante unas chullpas lo cual a pesar de los factores climáticos adversos hizo posible la preservación de las momias.
A pesar de que el sitio había sido perturbado el equipo de arqueólogos organizadas por la ONG Centro Mallqui recuperado más de 200 momias y otros más de 200 artefactos. Aparte de la marca machete extraña hecha por los saqueadores del estado de conservación de todo era excepcional, teniendo en cuenta que el sitio fue previamente tocó por último hace 500 años. Las tumbas tienen un gran voladizo por encima de ellos que protegía a la repisa de la lluvia y provocó un microclima que a su vez ayudó a preservar su contenido de cerámica, textiles, calabazas, figuras de madera y huesos.
Aparentemente, los Chachapoyas no tenían la costumbre de embalsamar los cuerpos; más bien escogían minuciosamente sitios de entierro con características que permitían la preservación de los cuerpos. La evidencia sugiere que fueron los Inca quienes introdujeron las técnicas de embalsamado y conservación de sus momias.
Estudios preliminares señalan la habilidad de los Chachapoyas en el entierro de sus momias en la Laguna de los Cóndores. La piel de las momias fue tratada con bastante cuidado, mientras que copas de algodón colocados debajo de las mejillas, en la boca y en las fosas nasales, ayudaban a preservar los rasgos faciales. Los cuerpos fueron reducidos a su mínimo volumen y peso. las articulaciones están forzadas al punto que la posición flexionada de las momias no es natural. Finalmente, los cuerpos fueron envueltos en capas de textiles que, actuando como aislante, también contribuyeron a su conservación.
El diseño del museo refleja las tradiciones arquitectónicas locales, con las técnicas de construcción regionales y los materiales utilizados en su construcción. Jardines llenos de flora autóctona rica y variada rodean el museo, mientras que una orquídea jardín pantallas de más de 100 especies de orquídeas nativas.
Además de las tres salas del museo dedicadas a los hallazgos arqueológicos de la Laguna de los Cóndores, una sala etnográfica presenta la variedad de estilos de vida de los habitantes modernos de la región, y una quinta sala está diseñada para albergar las actividades culturales y científicas.
